Tecnicamente, com esses tipos de problemas de "congelamento de X", na verdade não é que o próprio X congelou, mas sim que a GPU da placa de vídeo ficou bloqueada por algum motivo e, portanto, o X não pôde mais atualizar os gráficos nela.
Então, por causa disso, resetar o X geralmente não resolve o problema. Como os dois comentadores anteriores mencionados, existem várias maneiras fáceis de reiniciar o X, como reiniciar o gdm ou o kdm, ou ativar o botão ctrl-alt-backspace e usar essa combinação de teclas. Mas da próxima vez "X congela", vá em frente e tente-os, e aposto que não tem efeito.
O problema realmente está mais profundo na pilha, no nível do kernel. Possivelmente, se você fechou o X, descarregou e recarregou todos os drivers gráficos do kernel, então reiniciou o X. Mas, ao reiniciar o X, você perde todos os seus aplicativos. Então, além de um teste interessante, é provavelmente mais rápido e seguro fazer uma reinicialização completa.
Você não mencionou qual driver de vídeo está usando, mas, por exemplo, com o driver de vídeo da Intel, a GPU é manipulada por código no próprio kernel do Linux. Alguns desenvolvedores têm experimentado adicionar um recurso de "redefinição de GPU" no kernel que irá limpar automaticamente a memória da GPU e reinicializá-la quando parecer que não está mais respondendo aos comandos gráficos. Essa funcionalidade de redefinição é nova e nem sempre funciona em todos os casos por vários motivos, e ainda não está disponível para os drivers de vídeo de código aberto nouveau ou ati. Espero que esteja chegando em breve.
Se você estiver usando um driver proprietário como nvidia ou fglrx, todas as apostas estão desativadas. Verifique os fóruns para os drivers de dicas.