Comece usando o shell_exec () link e qualquer uma das outras Funções de execução do Programa. Tenha uma boa leitura nos comentários também.
Usar um pouco de AJAX poderia emular um terminal básico se você não quiser recarregar a página a cada vez.
Também deve ser cuidadoso com os comandos que podem ser enviados, pois permitir que alguém execute esses comandos é um grande risco de segurança.