A página do Hadoop à qual você está vinculado não está dizendo que o IPv6 causará problemas. O que está dizendo que vai lhe causar problemas é se você desativar o IPv4 e tentar usar o IPv6.
Portanto, seu objetivo não deveria ser livrar-se do IPv6. Deve ser deixar o IPv4 funcionando.
Agora, a página menciona uma opção de configuração que eles recomendam definir. Tem a ver com a forma como o Hadoop se registraria no SO para ouvir as solicitações recebidas. O Ubuntu oferece a opção de se registrar para ouvir apenas conexões IPv4, apenas IPv6 ou ambas.
Algumas versões (mais antigas, eu tenho certeza) do Debian (no qual o Ubuntu é baseado) pensaram que tentariam ajudar aplicativos com a transição, e mudaram algumas configurações de como a configuração de audição funcionaria. Essa configuração é o que a página wiki que você mencionou está se referindo. Para desativá-lo, basta colocar o seguinte no arquivo /etc/sysctl.conf
:
net.ipv6.bindv6only = 0
e enquanto estiver lá, remova as linhas:
net.ipv6.conf.all.disable_ipv6 = 1
net.ipv6.conf.default.disable_ipv6 = 1
net.ipv6.conf.lo.disable_ipv6 = 1
Em seguida, execute sysctl -p
e você deve estar pronto.