A última vez que tive esse problema, descobri que você precisava alterar o gerenciador de janelas. Tente procurar por um gerenciador de janelas e altere-o através disso. Tho, pode não estar lá, como eu estou no XFCE e não na Unidade.
Esta é a barra de título atual sem efeito do tema
Estaéabarradetítuloqueeuesperocomotemadaamostra
Não consigo alterar a cor e o tema da barra de título. Eu uso o Ubuntu tweak, unidade tweak, compiz. Qualquer tema que eu mude, a cor da barra de título não muda e usa a cor do ambiente (AFAIK). Eu já vi esse problema antes e acho que fiz reset dos temas gnome, ícones (não tenho certeza se), mas agora isso não parece afetar a cor (ou tema, se você pode chamá-lo) da barra de título.
A última vez que tive esse problema, descobri que você precisava alterar o gerenciador de janelas. Tente procurar por um gerenciador de janelas e altere-o através disso. Tho, pode não estar lá, como eu estou no XFCE e não na Unidade.