Não é impossível que os padrões compilados nos binários sejam diferentes dos arquivos de configuração padrão fornecidos pelos pacotes do Ubuntu.
De qualquer forma, você pode ter certeza de ter reinstalado os arquivos de configuração originais enviados pelo pacote usando a opção --force-confmiss
do dpkg, conforme explicado em, por exemplo, Como posso restaurar arquivos de configuração?
BTW no caso de qualquer um dos arquivos de configuração não estar marcado como conffiles, mas eles afetam o programa, o procedimento de limpeza é realmente necessário (e deve ser completo, ou seja, os scripts de empacotamento prerm e postrm devem ser responsáveis por tudo relevante).