Eu tive um problema semelhante há um tempo atrás com um Web App sendo fixado à tela inicial de um dispositivo iOS.
O problema estava relacionado à maneira como os links tratados pelo aplicativo. ou seja, se houver um link, precisamos abri-lo em um navegador da Web
Não tenho certeza se o código funcionará na sua situação, pois não usei o Web App Generator para testar, mas aqui está.
var a=document.getElementsByTagName("a");
for(var i=0;i<a.length;i++)
{
a[i].onclick=function()
{
window.location=this.getAttribute("href");
return false
}
}
Link StackOverflow para referência: