como eu vejo neste script, você está passando a senha com o script como se o script fosse script.sh e executasse o script como
sudo -i
./script.sh yourmysqlpassword #assuming the script is in current directory
editei para as suas necessidades, basta anexar a linha para fazer o trabalho
#!/bin/bash
apt-get -y update
# set up a silent install of MySQL
dbpass=$1
export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
echo mysql-server-5.6 mysql-server/root_password password $dbpass | debconf-set-selections
echo mysql-server-5.6 mysql-server/root_password_again password $dbpass | debconf-set-selections
# install the LAMP stack
apt-get -y install apache2 mysql-server php5 php5-mysql
wget https://acmesanappstor0.blob.core.windows.net/appmigration/Online_Shopping.tar.gz
tar -xzvf Online_Shopping.tar.gz
sudo mkdir /var/www/html/Online_Shopping
sudo cp -r ~/Online_Shopping/* /var/www/html/Online_Shopping
sudo nano /etc/apache2/apache2.conf
###AddType application/x-httpd-php .html###
echo "AddType application/x-httpd-php.html" >> /etc/apache2/apache2.conf
sudo /etc/init.d/apache2 restart
execute o script como raiz para que o eco não reclame