O ambiente é projetado para o Unity e não funciona bem com janelas do CSD. A melhor opção provavelmente é usar um tema que tenha bom suporte para janelas CSD.
Mas se você ainda quiser usar o tema Ambiance, poderá criar o arquivo ~/.config/gtk-3.0/gtk.css
com o seguinte conteúdo:
.window-frame {
margin: 10px;
}
10px estarão disponíveis para redimensionamento - 10px são usados no tema Adwaita, mas você pode usar tamanhos menores ou maiores se quiser.