Apenas corri para este problema ao atualizar, e métodos de entrada sempre me davam um inferno sempre que eu atualizava minha distribuição, então pensei em postar a resposta aqui.
Acesse a janela da interface preferences
(via preferences
no menu do painel ou, alternativamente, clicando com o botão direito no ícone do painel), navegue até a guia avançada e desmarque a opção "usar layout de teclado do sistema". Isso interromperá o layout do sistema padrão ao substituir o ibus quando você alternar entre os layouts.