Parece que você tem arquivos de propriedade da raiz em seu diretório pessoal.
Isso pode ter sido causado pela execução de aplicativos com sudo no passado e por esses aplicativos salvarem arquivos em seu diretório inicial.
Para encontrar uma lista de arquivos de propriedade da raiz em seu diretório pessoal, tente
find /home/ -uid 0
Você pode então devolvê-los ao seu usuário, conforme apropriado.
chown myuser:myuser -R [files]
Onde arquivos são os arquivos ou subdiretórios específicos. Geralmente, não é uma boa idéia executar um comando como esse em todo o seu diretório pessoal, com a chance de que algumas propriedades do arquivo sejam deliberadas ou necessárias para algo.
Quanto ao que causou o problema, certos aplicativos armazenarão arquivos em seu diretório pessoal durante sua operação normal, como arquivos de configuração ou de cache. Isso é muito comum em aplicativos gráficos, mas alguns aplicativos não gráficos ainda podem fazer isso. Agora, se você usar sudo
e um aplicativo fizer isso, ele criará arquivos de propriedade da raiz em seu diretório inicial. Então, futuras tentativas de executar este aplicativo sem root podem falhar, porque agora existem arquivos que só podem ser abertos pelo root.
A solução é alterar o proprietário desses arquivos de volta para o usuário ou excluí-los se você achar que eles não são vitais.
Para evitar esse problema no futuro, ao usar o sudo, você pode usar
sudo -H [command]
Se é uma aplicação gráfica, você poderia alternativamente usar
gksudo [command]
Isso informa ao aplicativo para usar o diretório pessoal do usuário root em vez de seu próprio diretório inicial.