Não é "seguro". Executar um terminal de comando como root faz tudo que você faz (incluindo erros) Muito Poderoso , e quando você tenta (intencionalmente ou não) fazer algo estúpido, você não está protegido pelas restrições impostas não root usuários.
Os programas geralmente não devem exigir a execução de root (as exceções são programas que manipulam o estado do sistema: montar / desmontar discos, instalar software, desligar, etc.). A partir das informações esparsas da sua pergunta, parece que você tem um problema de permissão. Descobrir e resolver o problema de permissões deve ser o primeiro passo, sendo que root deve ser o último passo infinito (deve haver outro caminho)