Nautilus pode ser invocado com o --geometry = 800x300 + 200 + 100 para um tamanho de janela de 800 de largura por 300 pixels de altura. O posicionamento de 200 pixels X de deslocamento da direita e 100 pixels de Y do topo, será ignorado, a menos que você seja root (bug 1543345). A página man do nautilus especifica o --geometry = switch, e a página man do X define como a geometria é especificada.
Para alterar os parâmetros de um ícone de lançador, consulte especificar-parâmetros-para-programa-lançador