Como esta questão ainda está faltando uma solução totalmente funcional, eu vou fornecer o meu:
Eu iria com um ASUS EAH7970 DC2T / 3GD5. Esses cartões são extremamente silenciosos e você pode conectar seis monitores.
Para monitores, eu usaria o Dell UltraSharp U2312HM. Esses são realmente baratos, mas têm um Painel IPS e todas as entradas que você precisa.
Atualmente, executo quatro delas com o equivalente da GPU da série 6xxx. Ele está funcionando perfeitamente, embora o driver de código fechado esteja causando alguma oscilação.
Desde a semana passada estou executando a imagem diária do Ubuntu por causa do kernel 3.11, que está apresentando o novo driver de código aberto da AMD. Desde então, o problema de cintilação desapareceu e essa configuração realmente funciona perfeitamente.
Não deve haver problemas em executar isso com tantos monitores quanto desejar, contanto que você possa anexá-los a um cartão. Infelizmente, o driver de código aberto não está suportando o fogo cruzado, mas talvez isso também funcione em várias placas sem o fogo cruzado.
Apenas para esclarecimentos, estou executando um Ubuntu 13.10 por dia. Na minha opinião, o Unity é o melhor sistema para monitoramento múltiplo.