Abaixo está o que eu tenho no arquivo /usr/share/X11/xorg.conf.d/50-synaptics.conf
e funciona como pretendido.
Section "InputClass"
Identifier "touchpad catchall"
Driver "synaptics"
MatchIsTouchpad "on"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "TapButton2" "3"
Option "TapButton3" "2"
EndSection
Como alternativa, você pode criar um script conforme descrito em
Execute um comando 20 segundos depois que a área de trabalho é inicializada
ou inclua os comandos abaixo em $HOME/.xprofile
sleep 20
synclient TapButton2=3
synclient TapButton3=2