Não tenho certeza se isso seria realmente uma correção ou não, mas foi o que fiz para que os usuários pudessem escrever em seu diretório.
chown -R ftpuser:ftpgroup /var/www
Depois, dentro de /etc/apache2/envvars
# Since there is no sane way to get the parsed apache2 config in scripts, some
# settings are defined via environment variables and then used in apache2ctl,
# /etc/init.d/apache2, /etc/logrotate.d/apache2, etc.
export APACHE_RUN_USER=www-data //Replaced
export APACHE_RUN_GROUP=www-data //Replaced
E simplesmente o substituiu por
# Since there is no sane way to get the parsed apache2 config in scripts, some
# settings are defined via environment variables and then used in apache2ctl,
# /etc/init.d/apache2, /etc/logrotate.d/apache2, etc.
export APACHE_RUN_USER=ftpuser
export APACHE_RUN_GROUP=ftpgroup
Até agora não vi problemas e tudo está funcionando muito bem.