Tente usar o codec de áudio mp3. Eu não sei como fazer isso com o Avidemux, mas isso é o que funcionou para mim ao converter vários vídeos para o mp4, que é aceito pelo youtube e funciona bem em várias plataformas:
ffmpeg -i Windup-demo-2.5.0.ogv -acodec libmp3lame -vcodec libx264 -crf 18 Windup-demo-2.5.0.mp4
Para obter o codec libmp3lame
eu tive que instalar a biblioteca lame:
sudo apt-get install libmp3lame0 ## Ubuntu 14.04
Para rotação, use -vf transpose=2
(-90 graus; para +90, use ... = 1).
ffmpeg ... -i input.mov -vf transpose=2 -acodec libmp3lame output.mp4
Note que a ordem dos params é importante.