O programa etckeeper controla as mudanças de configuração no diretório /etc , usando um repositório de código fonte como git ou bzr. Então, ele realmente rastreia as mudanças reais dos arquivos de configuração. Ele comete alterações automaticamente ao instalar pacotes, por exemplo.
Veja man etckeeper
É fácil configurar - não muito mais que apt-get install etckeeper e, opcionalmente, editar /etc/etckeeper/etckeeper.conf para selecionar git em vez do padrão bazaar como controle de versão "backend" - veja esta resposta: Kevin Bowen em: "Existe um aplicativo para gerenciar arquivos de configuração na pasta / etc com software de controle de versão?"
Em teoria, você poderia gerenciar todos os seus arquivos de configuração em um repositório de código fonte.
Na prática, isso é mais entediante do que parece - eu não recomendaria isso como uma solução geral.
A questão de se usar o bazar Canonicals ( bzr ) ou o git de Linus como repositório de repositório não é realmente importante;
Você não interage muito com o repositório em operação normal e, se precisar, como para rastrear um problema de configuração, precisará apenas de recursos vcs básicos, fáceis de consultar.
Se você estiver familiarizado com um deles mais do que o outro (ou planeja se familiarizar), escolha-o.
Pode-se discutir a questão há muito tempo no estilo da guerra do editor do vi e do emacs; para o básico veja É mais fácil gerenciar código com GIT ou Bazar? - O Google manterá você abastecido com munição do seu lado preferido.
Um motivo objetivo para escolher o git é trabalhar em um campo relacionado a software; Eu esperaria que mais git fosse usado ou migrado para; então é uma habilidade útil ter trabalhado um pouco com isso.