Você pode resolver isso configurando variável WINEPREFIX para um diretório específico via /etc/environment
(ou seja, para definir a variável do sistema) . Por exemplo. para ter o sistema de instalação do myuser , adicione lá uma linha como essa
WINEPREFIX="/home/myuser/.wine"
Note, no entanto, que desta forma todas as aplicações Wine serão instaladas em todo o sistema, a menos que quando você iniciar um aplicativo você defina explicitamente um WINEPREFIX separado, como WINEPREFIX="/my/other/wine-dir" wine ./app"