Isso implica que você está testando com comandos diferentes. Infelizmente, você não fornece o comando exato que está tentando executar.
Tente executar este exemplo de trabalho. Se funcionar, há algo errado com o seu comando. Provavelmente porque não gera saída ou a saída demora mais do que o tempo limite.
foo.sh:
#!/bin/bash
while :
do
echo foo;
sleep 2
done
comando:
timeout 10 ./foo.sh > foo.txt
foo.txt:
foo
foo
foo
foo
foo