Remova o
Include /etc/phpmyadmin/apache.conf
de /etc/apache2/apache2.conf
.
O pacote phpmyadmin
já criou o link simbólico /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf
para incluir /etc/phpmyadmin/apache.conf
.
Você recebe este aviso porque agora está incluindo /etc/phpmyadmin/apache.conf
duas vezes.