Remova o
Include /etc/phpmyadmin/apache.conf
de /etc/apache2/apache2.conf .
O pacote phpmyadmin já criou o link simbólico /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf para incluir /etc/phpmyadmin/apache.conf .
Você recebe este aviso porque agora está incluindo /etc/phpmyadmin/apache.conf duas vezes.