Essa propriedade pode ser alterada editando /usr/share/scite/SciTEGlobal.properties
e alterando as linhas:
selection.fore
selection.back
selection.alpha
que são BTW usados para definir as cores para exibir o texto selecionado.
Por exemplo, para texto de fundo amarelo e vermelho, sem translucidez, seria semelhante a:
selection.fore=#FF0000
selection.back=#FFFF00
# selection.alpha