Eu resolvi isso (pelo menos parece uma correção).
Depois de digitar compiz --replace , a maioria dos desktops do Unity era como deveria ser, mas algumas coisas ainda eram estranhas e eu teria que digitar esse comando toda vez que eu iniciasse o Ubuntu.
Parece haver um problema com o copnfig, então com o desktop sendo "normal" novamente que eu digitei pela primeira vez
%código%
para redefinir a configuração e, em seguida,
%código%
para reiniciar a área de trabalho. Eu entrei e entrei e tudo voltou ao normal, todos os ícones estavam como deveriam, o tema era como deveria ser - problema resolvido.