O BIOS tem uma opção para controlar a velocidade do ventilador? Se assim for, use-o e, em seguida, o controle de velocidade do ventilador será independente do sistema operacional.
Eu não uso o Windows desde o XP, mas até onde eu sei, o sistema operacional Windows não possui controle de velocidade do ventilador embutido, então você está usando um aplicativo do Windows para controlar a velocidade do ventilador. Esta aplicação é provavelmente SpeedFan. Execute-o no Windows e grave as configurações.
Em seguida, no Ubuntu, instale, configure e execute lm-sensors. Uma vez que os sensores estejam relatando suas velocidades de ventilador, instale e execute o pwmconfig. Configure-o para duplicar as configurações que você gosta do SpeedFan.