Provavelmente, você usa o Windows no modo UEFI. Se o seu Windows estiver instalado no modo UEFI (= modo padrão para o Windows 10), a Microsoft bloqueou o carregamento do carregador de inicialização não-UEFI ou não-Windows no menu de inicialização do Windows. Mesmo problema com ferramentas como o EasyBCD. Veja aqui . Isso significa que o gerenciador de inicialização de todas as versões oficiais do Wubi não funciona.
Você pode usar uma instalação padrão sem Wubi (recomendado - consulte aqui ) ou as versões Wubi desenvolvidas pela comunidade que suportam UEFI . Veja aqui .
Eu uso o Windows no modo UEFI, uma instalação padrão recomendada do Ubuntu e um Wubi instalado Ubuntu na mesma máquina. Tudo funciona sem problemas. Após a instalação, todos os gerenciadores de inicialização estarão disponíveis no menu UEFI da sua máquina.