Você está certo - o Snappy parece exatamente com o que você está procurando, mantendo a capacidade de ter bibliotecas compartilhadas. No entanto, você também está certo, atualmente eles não são executados no Ubuntu Desktop. No entanto, isso vai mudar a partir do Ubuntu 16.04 (que será lançado em abril). Você pode ver os primeiros esforços para realizar este aqui .
Além disso, vale a pena notar que você pode realizar muito do que está tentando fazer por meio da vinculação estática. Eu presumo que você saiba disso.