outro arquivo ~/.local/share/applications/jna_jar.desktop
também precisa ser excluído. Parece ser openjdk trazido pela primeira vez executando pycharm.
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Name=Welcome to PyCharm Community Edition
Icon=jna_jar.png
Exec=/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/bin/java -Xbootclasspath/a:./../lib/boot.jar -classpath ./../lib/bootstrap.jar:./../lib/extensions.jar:./../lib/util.jar:./../lib/jdom.jar:./../lib/log4j.jar:./../lib/trove4j.jar:./../lib/jna.jar -Xms128m -Xmx750m -XX:MaxPermSize=350m -XX:ReservedCodeCacheSize=240m -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:SoftRefLRUPolicyMSPerMB=50 -ea -Dsun.io.useCanonCaches=false -Djava.net.preferIPv4Stack=true -XX:+HeapDumpOnOutOfMemoryError -XX:-OmitStackTraceInFastThrow -Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd -Djb.vmOptionsFile=./pycharm64.vmoptions -XX:ErrorFile=/home/x/java_error_in_PYCHARM_%p.log -Djb.restart.code=88 -Didea.paths.selector=PyCharm50 -Didea.platform.prefix=PyCharmCore -Didea.no.jre.check=true com.intellij.idea.Main
StartupNotify=false
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce
OnlyShowIn=Unity;
X-UnityGenerated=true
Vários pontos feitos na pergunta estavam errados.
1) Executar sudo ls /usr/share/applications
com o sudo é um absurdo. Seu usuário pode ler os dados. Como
você acha que pega os ícones no Dash? Pense nisso em vez de descontroladamente
adicionando sudo aos comandos quando você não consegue o que espera.
2) Os arquivos em / usr / share / applications definem os arquivos usando linhas de configuração nos arquivos. O nome do arquivo não tem nenhum significado aqui. Você poderia renomeá-los todos para letras e números aleatórios e Dash ainda funciona como agora.
3) Experimente grep -i pycharm /usr/share/applications/*
para descobrir o que deve ser excluído