Acabei de baixar eclipse para o php dev e depois de extraí-lo do arquivo descobri que ele não tem instalador, pois acredito que ~/Downloads/ não é onde os programas potencialmente compartilhados por todos os usuários devem acabar . É uma boa prática para mv a pasta inteira em /usr/share/Eclipse/ e link simbólico é executável em /usr/share/applications para que o Ubuntu perceba que o Eclipse está instalado?
Não, não existe tal "boa prática". Observe os arquivos descompactados e veja se há um arquivo README ou INSTALL contendo instruções de instalação para este produto em particular. Essas instruções não funcionarão para outros pacotes de software. A única "boa prática" que posso sugerir é ler TODOS os arquivos de texto no diretório descompactado (use file * para verificar).