Esse usa a aceleração de hardware, enquanto o outro usa sua CPU para desenhar efeitos (boo!).
Agora explicando:
Canela (Software Rendering) a única característica é que ele usa renderização de software para fazer mais do trabalho gráfico, como desenhar bordas de janela, mover janelas, a barra, etc., e isso não pode ser alterado se você não tiver GPU com capacidade para Aceleração de Hardware.
O Cinnamon tem técnicas disponíveis de aceleração de hardware. É mais atraente e poderoso que o software renderiza, já que ele usa uma placa gráfica dedicada para fazer com que todos os efeitos pareçam fluidos e rápidos. A vantagem disso é que você pode fazer fallback em um ambiente sem efeitos, sem problemas.