Acho que o que você gostaria de fazer envolveria a criação de um Appindicator. Isso pode ser feito em python ou em C. Um exemplo pode ser encontrado aqui: link
Para executar um script de shell, você precisaria usar o módulo de subprocesso em python. Para começar a usar o módulo appindicator em python, você precisaria instalar o pacote python-appindicator executando sudo apt-get install python-appindicator :