Note que o ffmpeg está depreciado no Ubuntu e em outras distribuições:
avconv
éoquevocêdesejausar,queestánopacotelibav-tools
epodeserinstaladocomaseguintelinha:
sudoapt-getinstalllibav-tools
Então,aquiestãoalgumasmaneirasdefazerisso:
FFMPEG(Reprovadoem12.04+)
ffmpeg-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.avi
emffmpeg-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mp4
emffmpeg-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mkv
emffmpeg-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mpg
AVCONV
avconv-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.avi
emavconv-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mp4
emavconv-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mkv
emavconv-iinput.avi-vcodeccopy-acodeccopyoutput1.mpg
Se você não quiser copiar o conteúdo, basta remover a parte que diz "-vcodec copy -acodec copy" e o avconv / ffmpeg cuidará disso.
NOTA - Como mencionado por LordNeckBeard, o exemplo do MP4 não funcionará no Raw.