Em outro lugar, você está usando "$f" sem basename , para que o caminho para o arquivo seja fornecido. É somente no comando lame que você está usando basename . Com basename , os componentes do diretório serão perdidos. O arquivo de saída seria criado no diretório em que o comando foi executado.
Se você quiser substituir apenas uma extensão .wma por .mp3 , use "${f%.wma}.mp3" . Isso deve manter o caminho.