Este é um bug conhecido no BAMF, a estrutura de correspondência de janelas usada pelo Unity. Eu acho que eles ainda estão trabalhando em um SRU (Stable Release Update) - pareço ter byobu 5.97-0ubuntu1
em 15.10, e a correção está em 5.98-0ubuntu1
ou mais tarde.
Há uma solução alternativa no comentário # 2 se você não se importar em associar o Unity a todas as janelas do terminal gnome com o ícone Byobu.