Agora eu me sinto meio idiota por postar a pergunta. Pelo menos uma parte da minha pergunta eu descobri.
Faça o seu Ubuntu instalado
CTRL + ALT + T = abre o terminal
sudo apt-get install gparted
Pressione enter e insira sua senha - Isso obviamente não será exibido no terminal.
Feche o terminal e vá para o Unity, e abra o Gparted.
Selecione o disco rígido que você deseja controlar e exclua a (s) partição (ões)
Reinicie o Ubuntu e volte para o Gparted.
Crie uma nova partição e monte-a.
Eu tenho o controle do meu disco rígido novamente.
Notas: Não tenho certeza se esta será a solução para você, se você tiver dados que deseja manter no disco rígido, mas isso funcionou perfeitamente para minha situação.
Isso também não resolveu a raiz do meu problema - arquivo raiz