Editar 2018:
Isso foi resolvido no gnome-keyring por envolvendo o ssh-agent recentemente para que as soluções alternativas não sejam necessário mais e tudo deve funcionar fora da caixa.
Soluções alternativas originais para sistemas mais antigos:
/run/user/1000/keyring/ssh é o caminho do chaveiro do Gnome (cavalo-marinho), que não suporta chaves Ed25519. Existem duas possibilidades:
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Não use chaves ED25519 e use RSA (que deve ser bom o suficiente)
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Execute% real
ssh-agentem seus scripts de inicialização (~/.xsession) usandoeval 'ssh-agent'