Clique com o botão direito no arquivo que você deseja abrir, selecione "Abrir com outro aplicativo". Uma janela irá aparecer contendo uma lista de todos os programas instalados. Selecione gvim na lista e certifique-se de que "Remember this application ..." esteja selecionado. Isso abrirá todos os arquivos desse tipo no gvim. No entanto, isso é apenas metade da história, pois há muitos mais tipos de arquivo. Outra maneira é editar ou criar este arquivo:
~/.local/share/applications/defaults.list
e verifique se ele contém
[Default Applications]
text/plain=gvim.desktop
Uma maneira recomendada de fazer isso é digitar esse comando em um terminal:
sudo update-alternatives --config editor
para atualizar o editor da linha de comando e
sudo update-alternatives --config gnome-text-editor
para atualizar o editor da GUI. Digite o número correspondente ao editor que você deseja definir como seu editor e pressione Enter. Isso atualizará todas as referências do sistema.
Isso deveria ser feito.