Minha interpretação das suas perguntas é que você está se perguntando o que o ambiente de área de trabalho faz e como isso poderia estar relacionado aos erros de sua aplicação. Se isso estiver incorreto, esclareça sua dúvida e / ou comente minha resposta.
O ambiente de desktop no Linux permite que o usuário manipule seu computador graficamente, como é feito no Mac OS X e no Windows. Ambientes de desktop diferentes têm aparência diferente, oferecem funcionalidade diferente e, às vezes, vêm com seus próprios aplicativos (por exemplo, a Calculadora Gnome).
O bug que você está referenciando provavelmente não é um bug, mas sim o sistema está confuso em algum lugar, e eu aconselho que você simplesmente reinicie o seu computador, já que isso provavelmente deve consertá-lo. Se isso não resolver, envie um relatório de bug para o Launchpad .
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se isso ajudar, se não, por favor, esclareça sua pergunta.