Acontece que isso pode ser feito facilmente usando o plugin de decoração da janela do Compiz. No campo 'Janelas de decoração', digite:
!(class=Gnome-terminal)
Para personalizar ainda mais isso, você pode ocultar um conjunto específico de terminais entrando no campo 'Janelas de decoração':
!(title=tmux_terminal)
Em seguida, as bordas só serão desativadas para terminais iniciados da seguinte forma:
gnome-terminal --title=tmux_terminal