Eu recomendaria que você usasse o excelente programa chamado recoll, disponível nos repositórios, para indexar seus documentos e depois usá-lo para pesquisar.
recoll pode ser usado a partir da linha de comando com a opção -t como esta;
recoll -t author:"Christopher Negus"
onde a string entre aspas é o autor de um documento PDF de interesse, veja abaixo;
O retorno do Gui é rápido e intuitivo;
Veja mais aqui; link
Você também pode usar um sistema especializado de gerenciamento de e-books, como o Caliber , novamente disponível nos repositórios.