Enquanto eu não quero apontar você para longe do askubuntu, você pode encontrar mais informações sobre o serverfault, ou outros fóruns do Linux. O que você vai conseguir aqui é mais provável opiniões baseadas na experiência pessoal (e possivelmente limitado ao Ubuntu), que seria tudo que eu poderia oferecer a você.
Dito isto, o cartão RAID que você tem é conhecido por ser um para executar MUITO quente. Portanto, o requisito do ventilador é bem conhecido.
Pessoalmente, não venderia nenhum hardware, uma vez que nunca se recuperará em qualquer local próximo do valor originalmente gasto. Aguente firme e use-o.
Agora, quanto à sua pergunta sobre o uso do dmraid , eu me afastaria dele. A única razão pela qual eu usaria isso seria se eu não tivesse uma placa RAID de hardware (você faz) e se eu tivesse que fazer uma dupla inicialização com o Windows e o Linux.
Se tudo o que você vai executar é o Ubuntu, e você não quer usar a placa RAID, você pode simplesmente usar mdraid (não confundir com dmraid), que é muito maduro agora. Eu tenho um par de mdraid RAIDs em uso há muitos anos, sem quaisquer problemas. A coisa boa sobre o mdraid é que você pode mover controladores sem grandes problemas. Mas você provavelmente desejará ter uma unidade de inicialização separada, para facilitar a configuração.
Novamente, isso realmente depende de quão "crítica" sua configuração será. Quanto mais precisa ser 100% confiável (o que nada é), mais você terá que investir em RAID de hardware e redundância.
Apenas meus 2 centavos. Outros provavelmente terão uma opinião / experiência diferente. :)