Resolvido
Não sei ao certo por que essa solução funciona, ainda um pouco confusa sobre qual era o problema, mas desabilitei o início rápido do Windows, depois voltei para o Ubuntu e executei o instalador e selecionei 'reinstalar o ubuntu'. O instalador funcionou, e agora o sistema mostra o grub na inicialização, dando a opção de inicializar no ubuntu ou windows. Em suma, apenas as alterações que fiz no BIOS estavam desativando a inicialização segura e a inicialização rápida.
Também não sei porque toda discussão relacionada ao ubuntu para o yoga 2 pro diz que você deve adicionar o parâmetro 'acpi_backlight = vendor' ao inicializar, eu não precisei disso. Apenas bloqueou o brilho no máximo e quebrou as teclas de brilho que funcionam fora da caixa.
Nota lateral, o ubuntu é incrível em especificações de ponta. O único problema com o yoga 2 pro on linux é a questão da cor amarela.