Finalmente resolvi isso. O alt + número entra em conflito com os atalhos de teclado do gnome-terminal para alternar entre as guias. Esse sempre foi o caso, mas em versões mais antigas do gnome-terminal, o combo trocava de guia se houvesse guias para alternar e alternar as janelas IRSSI, se não houvesse.
Se você desabilitar ou mapear novamente os atalhos "Alternar para a guia ..." (em Terminal> Preferências > Atalhos), poderá usar alt 2 em IRSSI novamente.
Clique duas vezes na tecla de atalho e você verá "Novo acelerador ..." - a partir daí, Backspace desativará o atalho ou você poderá criar um novo atalho. Eu usei ctrl alt 2 .