Eu também usei o Acronis. Não há problema em fazer backups e restaurações quando você tem o Linux instalado.
Na verdade, sua versão em CD fará o backup de todo o disco e usará o Linux para fazer isso. Você também pode usar uma solução de backup de disco inteiro incrível que é grátis chamada clonezilla. Eu percebo que não faz backups enquanto você está usando o seu sistema, embora como o Acronis, mas funciona muito bem.
Seu pen drive pode estar corrompido. O Ubuntu não efetuará a inicialização em sua unidade flash AT ALL.
Se você pressionar a tecla adequada da bios, poderá inicializar diretamente para esse dispositivo. Assim que fizer isso, se não carregar o Acronis, talvez você queira tentar reinstalar esse dispositivo, primeiro limpando-o para FAT e, em seguida, reinstalando-o. Ou se você tiver a opção de simplesmente gravar um CD, também poderá fazer isso.
Ou se você não quer mexer com isso, basta instalar o clonezilla, ele faz a mesma coisa e pode fazer backup de partições para arquivos de imagem e pode restaurá-los em disco, ou até em discos diferentes.