A resposta é dada no relatório de erros que você postou.
Basta executar: sudo mkdir -p /usr/lib/x86_64-linux-gnu/gdk-pixbuf-2.0/2.10.0
para garantir que a pasta seja criada.
Depois, execute sudo gdk-pixbuf-query-loaders > /usr/lib/x86_64-linux-gnu/gdk-pixbuf-2.0/2.10.0/loaders.cache
como mencionado em sua pergunta.
Agora, emita novamente sua atualização.
No entanto, este aviso não é uma preocupação maior, pois está relacionado apenas ao cache gtk-icon.