O Linux ainda está no controle do MBR ou do registro mestre de inicialização (por assim dizer) que não está instalado na partição linux.
Tudo o que você precisa fazer é repará-lo usando a mídia de instalação do Windows ou o disco de reparo do Windows. Você não diz qual versão do Windows está usando, então aqui está uma pesquisa no google para todos, apenas confira:
link
O MBR precisa ser substituído pelo do Windows. É muito improvável fazê-lo sem um cd / usb. Mexer com isso de outras maneiras pode causar mais dor. Não faça isso para si mesmo.