Tudo o que entra em /etc/init.d
é um script que inicia um serviço e pode definir o nível apropriado onde o script é executado - mod único usuário, multiusuário, desligamento; não é o serviço em si.
Tudo o que entra em /usr/bin
é o servidor real, é o arquivo executável.
A analogia do windows world seria .exe
files vs serviços planejados que chamam esses .exe
files