Sim, use o comando mutt-kz (que é um fork do mutt mas mantém-se atualizado com ele) e não muito. Você não deu detalhes como como você busca, lê e envia e-mails, então não há muito o que fazer. Mas uma ótima combinação para os usuários do Gmail é usar offlineimap + mutt-kz + não muito.
Em seguida, para pesquisar todas as pastas, basta fazer Esc + X, digitar sua consulta de pesquisa e pressionar Enter. É isso.