Você quer dizer que um espaço de trabalho possui ícones do Gnome e o próximo possui ícones do Unity?
Em caso afirmativo, duvido que seja possível porque, quando seu Linux inicializa seu ambiente de desktop, diz Gnome, o Gnome agora "controla" o ambiente e como você interage com ele, então se você mudasse para o próximo ambiente, seu PC precisaria desligue o ambiente Gnome e carregue o ambiente LXDE, o que significa que você terá que esperar para usá-lo novamente.
Não podemos perder tempo, especialmente quando você está trabalhando em um projeto.
Se não, então você pode tentar this , um guia bastante extenso, mas informativo, sobre como alterar os ícones.
Aqui está outro site para sua pergunta.