Algo que você pode tentar é executá-lo em uma máquina virtual do Virtualbox, com uma versão do Windows e, em seguida, dar acesso a uma porta USB. É um nível muito baixo, então tenho minhas dúvidas, mas acho que vale a pena tentar.
Antes de mudar para o Ubuntu a partir do Windows, costumava usar o Powersaves com bastante frequência para modificar e fazer backup dos meus arquivos salvos do meu 3DS.
O software é pequeno e é dito que é capaz de rodar no Wine, mas, infelizmente, não detectará as portas USB, algo que é necessário ao reescrever arquivos salvos em um nível físico no cartucho.
Existe alguma maneira de fazer o software funcionar no Ubuntu / fazer o Wine detectar portas USB?
Software é; link
Algo que você pode tentar é executá-lo em uma máquina virtual do Virtualbox, com uma versão do Windows e, em seguida, dar acesso a uma porta USB. É um nível muito baixo, então tenho minhas dúvidas, mas acho que vale a pena tentar.