Eu não tenho esse problema agora, mas fiz no passado. Eu só tive isso brevemente, depois que alguém disse "pegue o kernel de teste".
Outras boas sugestões são: 1) atualizar bios de hardware 2) certificar-se de que o firmware do ubuntu esteja atualizado 3) se você estiver usando uma unidade de vídeo proprietária, pare por um tempo para testar.
Tente isolar o problema.
Eu me certificaria de que o servidor ssh esteja em execução e faça login com outro pc quando ocorrer essa lentidão. Muitas vezes, será verdade que uma sessão ssh estará ok, mesmo quando o computador parecer congelado.
Um ponto disso é ver se apenas sua conta de usuário está travada ou se o próprio kernel está funcionando.
No terminal, execute alguns diagnósticos como
$ top
$ ps aux | more
$ dmesg
Você duvida de problemas de memória, mas também menciona Java. Eu sou suspeito, para mim o Java é uma fonte constante de problemas.
Top dará resumo. Ps fornece resultados abrangentes.
Outra ideia é tentar o Alt-Ctl-F1 para chegar ao VT. Pode não funcionar se o sistema estiver totalmente congelado.
Eu temo que a suspensão constante faça com que os processos de zumbis se acumulem e você deva sair, talvez reiniciar.