cp $file >> backupfile.txt
Deve ser:
cp "$file" backupfile.txt
>> é usado para anexar saída , o que não é o que você precisa fazer.
Outras coisas:
- Cite suas variáveis: use
"$file". O que acontecerá se o usuário inserirFile Name With Spaces? -
file=$fileé uma tautologia. E desnecessário.